En 1962 se inician las obras de restauración del templo. Su situación era totalmente ruinosa a punto de convertirse en un montón de escombros.
El color rosáceo de sus muros se debe a los incendios que lo han asolado en 1450 y 1641. Los ábsides son rectangulares, y hasta 1962 estuvieron recubiertos por las cales y retablos.

Capilla lateral del Santo milagro

Una tradición muy fuerte, corroborada por la tradición y por diversas fuentes históricas y arqueológicas sostienen que sobre este altar tuvo lugar un milagro eucarístico

Los corporales con la sangre quedaron en el cáliz y la Hostia en la patena.

En 1486 los Reyes católicos, peregrinos a Compostela, se hospedan con los monjes, contemplan el milagro y luego, donan el relicario donde se ha guardado el Milagro hasta el día de hoy.

Esta capilla conserva Cáliz y Patena originales del milagro; afamadas piezas románicas del siglo XII y pasaron al catálogo de Arte Románico Europeo. La leyenda del Santo Grial gallego, como se conoce a este cáliz, se ha extendido por toda Europa. El Cebreiro y el Milagro han influido en la obra parsifalesca de Wagner. Este cáliz preside el escudo de Galicia

En la capilla del Santo Milagro, los mismos coetáneos de los protagonistas del Milagro, monje y campesino, les han preparado unos sencillos mausoleos, abriendo un arco ojival para facilitar el culto en esta capilla.

La capilla de San Benito, en la nave norte, permanece dedicada a este Santo, en recuerdo a los monjes benedictinos que levantaron y custodiaron este templo desde el año 836 a 1853.

Los monjes de Aurillac, que llamó Alfonso VI, permanecieron en el Cebreiro desde 1072 a 1487, fecha en la que los Reyes Católicos obtuvieron del Papa la desmembración del Cebreiro de Aurillac y su anexión a San Benito el Real de Valladolid, como fruto de la política de independizar a España de todo influjo extranjero. Los monjes de San Benito de Valladolid abandonan el Cebreiro en 1853, como consecuencia de la desamortización de Mendizábal.